Калибровка масс-спектрометра играет фундаментальную роль в получении точных и достоверных данных. Она направлена на настройку шкалы массы и относительных интенсивностей ионов в соответствии с известными значениями. Незначительные изменения в электронике, чистоте образцов, или окружающей среде могут существенно повлиять на результаты измерений, делая калибровку необходимой для обеспечения точности и надежности данных.